ISBI Tanah Papua memiliki bendera berbentuk empat persegi panjang dengan ukuran panjang berbanding lebar 3:2 (tiga banding dua) berwarna dasar biru langit dengan kode (CMYK 82,70,0,0) dan di tengahnya terdapat lambang ISBI Tanah Papua.

Jurusan di lingkungan ISBI Tanah Papua memiliki bendera berbentuk 4 (empat) persegi panjang dengan ukuran panjang berbanding lebar 3:2 (tiga banding dua) dengan warna dasar yang berbeda pada masing-masing jurusan dan di tengahnya terdapat lambang ISBI Tanah Papua serta di bawahnya terdapat tulisan nama masingmasing jurusan.

a. bendera jurusan Seni Pertunjukkan berwarna dasar  merah maroon dengan kode (CMYK 39, 91, 84, 62) dengan gambar sebagai berikut:

b. bendera jurusan Seni Rupa dan Desain berwarna dasar putih dengan kode (CMYK 5,4,4,0) dengan gambar sebagai berikut:

c. bendera jurusan Ilmu Budaya berwarna dasar Coklat dengan kode (CMYK 37,72,99,40) dengan gambar sebagai berikut: